Mehrheitlich werden Microalgen in offenen «Outdoor-Systemen» gezüchtet. Diese haben jedoch den Nachteil, dass Einträge aus der Luft und Wasser, wie z.B. Blütenpollen, Staub, Insekten, Bakterien das Endprodukt kontaminieren.
Im Gegensatz zu diesen offenen Anlagen gibt es «Indoor-Anlagen», welche auf Photobioreaktoren oder Fermenteranlagen beruhen.
Diese Produktionsart ist erst seit 15 Jahren im Aufbau und hat den Vorteil, sämtliche Produktionsparameter gezielt kontrollieren zu können und den Eintrag von unerwünschten Immissionen auszuschliessen.
Versuche, künstliche Treibstoffe und Basistierfutter aus Algen zu gewinnen, sind bisher an den zu hohen Produktionskosten gescheitert und werden deshalb vermutlich auch in naher Zukunft keine Grundlage einer kommerziell sinnvollen Produktion erlangen.
Somit handelt es sich bei einer wirtschaftlich sinnvollen Produktion von Microalgen meist um Nischenprodukte mit hoher Wertschöpfung.